ショウジョウバエ(Drosophila)の研究をするにあたっての、研究ツールのまとめを備忘録的に残しておきます。
書き漏れ、追加して欲しいツールなどありましたら、サイトのコメントかこちら(haya.m.yamano.neuro@gmail.com)までご連絡お願いいたします。
現在制作段階なので、徐々に情報が増えていくと思います。
更新日: 2023/12/1
データベース
FlyBase
URL: https://flybase.org
ショウジョウバエの総合的なデータベース。遺伝子の配列、発現情報をはじめ、ショウジョウバエの研究論文や研究コミュニティなどの情報を入手することができる。
FlyWire
URL: https://flywire.ai
NeuronBridge
URL: https://neuronbridge.janelia.org
FlyLight
URL: https://www.janelia.org/project-team/flylight
FlyCircuit
URL: https://www.flycircuit.tw
neuPrint
URL: https://neuprint.janelia.org
SCope
URL: https://scope.aertslab.org
Fly Cell Atlas
Paper:
ストックセンター (Stock Center)
Bloomington Drosophila Stock Center
アメリカのBloomingtonにあるIndiana Universityのショウジョウバエストックセンターです。
遺伝型による検索だけでなく、Stock No.(BLから始まる番号)などでも検索することができます。
GAL4系統やUAS系統、RNAi系統など多種多様な系統がストックされています。
Vienna Drosophila Resource Center
URL: https://shop.vbc.ac.at/vdrc_store/
オーストリアの Institute of Molecular Biotechnology (IMBA) にあるショウジョウバエストックセンターです。RNAi系統が特に多くストックされています。
KYOTO Drosophila Stock Center
URL: https://kyotofly.kit.jp/cgi-bin/stocks/index.cgi
日本の京都の京都工芸繊維大学にあるストックセンターです。日本にある中で一番大きいショウジョウバエのストックセンターであり、サイトからStockリストがダウンロードできたり、Lineごとにまとまって検索したりすることができる。
KYORIN-Fly : Drosophila species stock center
URL: https://shigen.nig.ac.jp/fly/kyorin/
日本の杏林大学にあるショウジョウバエのストックセンターである。多様な種のショウジョウバエがおり、キイロショウジョウバエの近縁種の変異体などもこのストックセンターから入手することができる。
行動解析ツール
DeepLabCut
URL: http://www.mackenziemathislab.org/deeplabcut
Paper: Mathis A, Mamidanna P, Cury KM, et al. DeepLabCut: markerless pose estimation of user-defined body parts with deep learning. Nat Neurosci. 2018;21(9):1281-1289. DOI:10.1038/s41593-018-0209-y
SLEAP
URL: https://sleap.ai
Paper: Pereira TD, Tabris N, Matsliah A, et al. SLEAP: A deep learning system for multi-animal pose tracking. Nat Methods. 2022;19(4):486-495.
DOI:10.1038/s41592-022-01426-1
UMATracker
URL: https://ymnk13.github.io/UMATracker/
Paper: Yamanaka O, Takeuchi R. UMATracker: An intuitive image-based tracking platform. J Exp Biol. 2018;221(16):1-5.
DOI:10.1242/jeb.182469
Ctrax
URL: https://ctrax.sourceforge.net
Paper: https://www.nature.com/articles/nmeth.1328
FlyTracker
URL:
Paper:
ID Tracker
URL:
Paper:
TRex
URL:
Paper: https://elifesciences.org/articles/64000
JAABA
URL:
Paper:
その他
Brain and VNC template (JRC 2018 Brain templates)
URL: https://www.janelia.org/open-science/jrc-2018-brain-templates
Color-Depth MIP
URL: https://www.janelia.org/open-science/color-depth-mip
解剖と抗体染色のプロトコル
URL: https://www.janelia.org/project-team/flylight/protocols
ショウジョウバエの成虫や幼虫の解剖方法の動画、抗体染色のプロトコルが手に入ります。