カテゴリー: Anaconda

Python Video Annotatorとは

Python Video Annotatorとは、撮影した動画を解析、動画内のイベントを時系列的にノートすることができるアプリケーションです。

神経科学や行動学の研究者が、動物の動画を撮影し、その動物たちの行動を解析、定量するためなどに利用することができます。
例として、マウスの行動を記録する際に、舌を出す、尻尾を振る、耳を動かすなど、記録したい行動があったとします。
それが、動画のいつ起こっていて、どれぐらいの時間継続しているのか。
毎度動画を見て、エクセルに記録するのだと、定義した行動が多いとあまりに大変です。
こういったツールを用いることで、動画にノートとして記録し、時間情報やイベント情報を取り出すことができます。

元々、動物の行動を記録するアプリケーションとして、VCodeと呼ばれるオープンソースのソフトがありました。
しかし、現在のパソコンのOSに対応していないという問題がありました。

Python Video Annotatorでは、最新のPCに対応し、必要な機能は残しつつ、さらに外部のセンサー情報(圧力計など)やDeepLabCutなどの行動定量ツールと組み合わせることができ、非常に研究を行う人にとって有用なツールとなっています。

インストール方法

ホームページにインストール方法は詳しく書かれていますが、僕のパソコンではうまく入れることができませんでした。（多分そのままインストールしたら、元々インストールされているパッケージとの相性が悪かったのかもしれません。）
そこで、GitHubのサイトに記載されている、Anacondaを使って仮想環境を構築、インストールするという方法を行いました。

言葉で言うと難しそうですが、やることは非常に簡単です。
現在(2021年10月20日地点)では最新のmacOS(Big Sur 11.6)には対応していないらしく、近日中に改善されると思われます。
なので、今回はWindowsを例にとって説明します。

ただ、macOSでもAnacondaを入れて、condaコマンドを使えるようにしてからは基本的には操作は一緒なので、使えるようになったら参考にしてください。（詳しくは前回の記事より）

Anacondaをインストールし、Anaconda promptを開きます。
そして、仮想環境を作成し、仮想環境をアクティベートしましょう。

conda create -n videoannotator python=3.6
conda activate videoannotator

その後、必要なパッケージをインストールします。

pip install opencv-python-headless pyqt5==5.14.1 pyqtwebengine==5.14.0

その後、python Video Annotatorをインストールします。

pip install python-video-annotator

色々処理が終わったらインストール完了です。

起動するときは、仮想環境をアクティベートしてから、実行します。

conda activate videoannotator
start-video-annotator

これでソフトが起動したら完了です。